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一九零三年，摩尔根被聘任为哥伦比亚大学实验动物学教授，开始进化和遗传方面的研究工作，他对孟德尔豌豆实验得出遗传因子分离定律、自由组合定律将信将疑，想通过动物实验进行证实。
因为之前摩尔根从事胚胎学研究，对老鼠比较熟悉，实验前几年，他和学生使用家鼠和野鼠杂交进行实验研究，可能是老鼠繁殖周期太长，繁殖效率太低，实验进行几年没有取得进展。
一九零八年，摩尔根开始使用果蝇作为实验材料。
果蝇饲养容易，一点点香蕉浆就可以当它们一天的口粮；果蝇繁殖力强，条件适宜的情况下，一天时间卵即可孵化出幼虫，两三天变成蛹，再过五天变为成虫，一年可以繁殖三十代以上；果蝇体形小，一只牛奶瓶就可以饲养几十只。
想要研究遗传，必须让实验动物有可以区分的特征，这些特征只能通
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